Ход событий

Несколько единиц биоорганического оружия и зомбированных заключенных, принадлежащих Священным Змеям, были выпущены на волю в Амазонии и попали в близлежащие населенные пункты, такие как Мишкоатль, вызвав локальные вспышки Т-вируса. Одновременно с освобождением была саботирована плотина Хавьера, чтобы затопить города, расположенные вдоль реки.

Американское расследование

Группа преследования и расследования «Анти-Амбрелла» получила доказательства того, что нелегальный сотрудник «Амбрелла» продавал био-оружие Хавьеру Идальго непосредственно перед освобождением. Послав агента Леона С. Кеннеди при поддержке солдата USSOCOM Джека Краузера, правительство США хотело захватить сотрудника живым для допроса. Пара прибыла в деревню, все жители которой, а также местная дикая живность уже были заражены Т-вирусом. После этого они находят своего проводника смертельно раненным Хильдой Идальго, а затем его утаскивают на глубину и убивают, но не раньше, чем он рассказывает, что девушка привела «дьяволов» в их деревню.

Позже эти двое находят дочь Хавьера, Мануэлу, внутри церкви, охраняемой гигантским монстром. О том, что Хавьер был отцом Мануэлы, Леон и Краузер узнали только после того, как встретили его в канализации. Он также сказал, что она была заражена вирусом t-Veronica. Позже Мануэла рассказала им, что вирус был использован для лечения её болезни, которая поражает только людей в районе, где они жили с ее матерью. Хавьер попытался использовать T-вирус, чтобы вылечить её, но вместо этого превратил её в мутировавшее существо, и Хавьер держал её взаперти в других частях особняка. После того, как Мануэла узнала, какие бесчеловечные меры были приняты, чтобы сохранить ей жизнь, она сбежала из особняка через плотины и скрылась в деревне. Узнав об этом, Хавьер в момент безумия убивает трех врачей и выпускает вирус. Более подробная информация о лечении была раскрыта, когда трое вновь встретились с Хавьером в операционной под его особняком, где регулярно похищаются молодые девушки-подростки, число которых достигло более 50, их органы забирают и пересаживают в Манеулу на 15 лет, чтобы не дать вирусу выйти из-под контроля. Прежде чем Леон и Краузер смогли что-то предпринять против Хавьера, гигантское существо, которое они видели в церкви, появилось вновь и напало на них обоих, а Хавьер отступил в другое место.

Во время боя Мануэла пытается помочь паре, отвлекая чудовище своей колыбельной песней, но ей это не удается, так как она корчится от боли из-за того, что не регулярно принимает процесс трансплантации, а Краузер получает ранение в левую руку и, боясь быть выброшенным правительством как бесполезный "кусок", начинает развивать в себе комплекс неполноценности. Пара начинает отстреливаться от ослабленной мутировавшей Хильды и смертельно ранит чудовище. Когда раненый монстр был близок к смерти, Мануэла понимает, что это ее мать, Хильда, после того, как она использует свои последние оставшиеся силы, чтобы прикоснуться и соединиться с дочерью в последний раз.

Чтобы забрать свою дочь у Леона и Краузера, Хавьер превратился в V-комплекс, опасное существо, которое могло заразить 60% Амазонки за два дня, и поглощало все на своем пути. Хавьер, вероятно, даже поглотил бы Мануэлу в свое мутировавшее тело. Вполне вероятно, что он потерял бы чувство собственного достоинства, но его любовь к дочери осталась. Побочным эффектом инфекции Т-вируса стало то, что кровь Мануэлы была легко воспламеняемой. Девушка использовала свою кровь как оружие, чтобы помочь Леону и Краузеру в битве против V-комплекса, но Леон беспокоился, что она потеряет слишком много крови и умрет. Когда Мануэла была почти при смерти, Хавьер попросил Леона убить его, чтобы его любимая дочь больше не пострадала. В конце концов, его тело сгорело, и трио на борту вертолета покинуло помещение. Мануэла размышляла о том, что ей следовало погибнуть в битве, как ее отец Хавьер, но Леон напомнил ей, что она должна продолжать жить ради девушек, которые погибли, чтобы она могла жить. После их поездки Мануэла была взята под стражу в США и взята под строгое наблюдение, но признаков мутации пока не обнаружено, а Краузер был демобилизован из армии из-за ранения, полученного во время миссии. После инцидента Краузер услышал имя Вескера, когда слушал рассказы Леона, и попросил его починить ему руку, а Вескер в ответ отправил Краузера на следующее задание куда-то в сельскую Испанию.

Преступник

Хавьер Идальго с 1991 года покупал образцы Т-вируса «Амбрелла», полагая, что он способен излечить его жену Хильду от дегенеративного заболевания. Несмотря на то, что в результате мутаций она превратилась в причудливое существо, Хавьер продолжал покупать продукцию «Амбрелла» — в частности, B.O.W.s. В 2001 году с ним связался доктор Альберт Вескер, который, будучи представителем конкурирующей компании «Амбрелла», начал продавать образцы Т-вируса для использования в качестве лечения дочери Хавьера, Мануэлы, страдавшей тем же дегенеративным заболеванием.

Хотя Т-вирус принесла здоровье ее телу, в качестве побочного эффекта она начала постепенно трансформироваться. Хавьер решил пересадить дочери органы, чтобы она осталась человеком. Девочки того же возраста, что и Мануэла, пропадали одна за другой — к этому привело то, что Хавьер поставил жизнь своей дочери превыше всего.

Однако безумие овладело разумом Хавьера после того, как Мануэла сбежала из его особняка. Мануэла, знавшая о поведении своего отца, доверилась Леону и Краузеру, что усилило его отчаяние.